Крош решил сделать Копатычу необычный подарок на день рождения и обратился в агентство «Дежавю». Это агентство обещало отправить их в удивительное путешествие сквозь время. Однако, из-за невнимательности к условиям договора, эксперимент пошел не по плану. В результате всех смешариков унесло в разные временные эпохи.
Теперь на Кроша легла ответственность собрать друзей обратно. Задача осложняется появлением его взрослой версии — Шорка. Этот ворчливый напарник возник из-за временного парадокса и неожиданно добавил хлопот. Вместе с ним Крош должен пройти множество приключений, чтобы найти всех и вернуть в настоящее.
Путешествуя по разным эпохам, герои сталкиваются с динозаврами, рыцарями и даже заглядывают в будущее.